バーコードの数字によりパラメータが決まる。キャラクターの場合は目に見えるHP、攻撃力、守備力の他に、不可視のパラメータ（潜在能力・第4能力）が存在する。これには規則性があるため、たとえば店頭で商品のバーコードを見ただけで「HP、攻撃力、守備力いくつ」とそのキャラのステータスのみならず、潜在能力（第4能力）までも読み取る者も珍しくなかった。特に初代バーコードバトラーは比較的単純だったためデータを読むことは簡単だった。IIでは頭から3ケタ目が「9」であり、末尾から4ケタ目が「5」であると前読み（通称）でとんでもない数値が出る。また後半の頭の数字が「0」「1」「2」の場合は攻撃力と守備力の数値が変わる、また特殊効果無効などの数字も存在する。
IIからはJANコード（先頭が49のバーコード）で末尾が5?9はアイテムとなる（5:武器（使い捨て） 6:武器 7:防具（使い捨て） 8:防具 9:HPアップ）。後述のコンピュータ戦専用であるボス探索や薬草補充という特殊なアイテムも存在し、これらは専用カードにのみ存在して一般商品のバーコードからは出現しないとされる。
「回復」はIでは回数の制限が無かったが、IIでは薬草（回復アイテム）を所持している場合のみ回復できる（IIの魔法使い、II2の僧侶は魔法でも回復可能）。IIでは初期状態で5個持っている薬草を3個まで同時に使うこともできる。
潜在能力は戦闘開始時にパラメータを変化させるといった目に見えるものの他にも、画面では確認できない先攻が取りやすくなるものや、命中率100％化、会心の一撃が出やすくなるもの、通常の攻撃力の3倍のダメージを与えることができる通称「3倍剣」などがある。II以降では9倍剣、27倍剣などもあったとされる。それらは本来のキャラクターのステータスであるものやアイテムによって付加させることも可能である。
モード
バーコードバトラー
COMモード
1人用。読み込ませたキャラクターを使ったコンピュータRPG風のモードで、本体ROMに内蔵された敵（全10面、各面に6体ずつ配置されているので総勢60体）と戦う。
キャラクターはゲーム開始時に読み込ませる主人公のみである。専用カード以外は読み込ませる事はできない。アイテムは、各戦闘ごとに1種類ずつ使用可能。
敵を倒してもHPは回復しないが、倒した敵の最大HPを自分の現在値に加算する事ができる。
B1モード
1人用。COMと戦闘システムは似ているが、敵が内蔵データではなくプレイヤーが読み込ませたカードのデータという点で異なる。
COMモードをクリアすると表示される「パスコード」でデータを引き継いだ上で戦う事が前提。
敵カードは本体同梱の全6体だが、980円程度で1ストーリー分の追加カードが計3種類販売されていた(「専用カードソフト」と呼称)。専用カード以外（一般商品などのバーコード）も敵として出現させることができる。
B2モード
フリー対戦モード。その場で読み込ませたカードを使い、コマンド入力は両者ともマニュアルで行う。アイテムはそれぞれ1個ずつ使える。
アイテムを使う代わりに他のキャラと「合体」もでき、その場合は両者のパラメータが合算されるが、ある条件を満たさないと合体できなかった。
COMモード用の主人公カードの場合、パスコードを入力してパワーアップした状態で戦わせる事もできる。
この他、画面に「B3モード」なる表示も存在しており、攻略本でもその存在に触れられてはいるが、実際は選択する事ができず、どの様なモードであるのかも謎となっている。
バーコードバトラーII
C0モード
前作のB2モードの発展型。前作と異なり、どのキャラも無条件で合体が行えるようになった。
C1モード
前作のCOMモードの発展型。キャラクターカードは「戦士」と「魔法使い」のペアを主人公として入力する。専用カード以外を読み込ませる事も可能となったが、その場合は他のモードより弱くなる。今回は本体にデータセーブが行える。
やはり敵を倒してもHPは回復しない上、基本的に敵を倒してもHPが加算されなくなった。その代わり戦闘後に数の限られた薬草を使用する事で回復は行える。
敵との戦闘（アイテム使用やパワーアップは戦闘前後のみ）回数は限られており、死亡したキャラクターは基本的に復活しないので、進め方次第では手詰まりになることもあり得るシビアなシステムである。
アイテム使用の代わりに本来不可能な合体が可能となったり、死亡したキャラクターを復活させるなど(対戦相手が魔法使いで勝利した場合のみ)の裏技が用意されている。
全4ステージで、敵は各ステージに30体ずつ配置されている。また、隠しステージが2面存在する。
C2モード
前作のB2モードに相当。C1モードとのシステムの違いも、前作のCOM・B1の違いとほぼ同じ。
カードソフトは前作より増えており、『スーパーマリオワールド』や『ゼルダの伝説 神々のトライフォース』、『ドラゴンスレイヤー英雄伝説』といった各種キャラクターものも発売された。
バーコードバトラーII2 C0
通常はCC・C0の2モードしか選択できないが、同じII2C0をもう一台接続する事で、更に3つのモードが追加される。
CCモード
本体に内蔵された敵と1戦だけ行うモード。まず敵のレベルを入力すると、そのレベルに応じた強さの敵が現れる。その敵を倒し、その証明として表示される「クリアコード」という数値をメモする。自分がどのレベルまで行けるかチャレンジするモードだ。最強のレベル99の敵はコロコロコミック誌上でニックネームの公募が行われ、「死覇(シバ)」と命名された。
C0モード
IIの同名モードの発展型で、仕様はほぼ同じ。アイテムは、1人2種類まで装備できるようになった。またこれまでの1P側のプレイヤーの戦歴（何戦何勝したか）を標示させる事もできる。この記録は電源を切ると消えてしまうが、「キャリアコード」というパスワードを入力する事で引継ぎが可能。
C3モード
所謂タッグバトルモード。プレイヤー4人がキャラクターカードを1枚ずつ入力し、2対2の戦いを行う。アイテムは1人1つずつのみ装備可能。合体は通常通り可能。
C4モード
3人または4人のプレイヤーで戦う、所謂バトルロイヤルモード。1人が生き残るまで戦いは続く。アイテムと合体についてはC3と同様。
ダブルC0モード
2人のプレイヤーで、II2C0を1人1台ずつ使って対戦を行うモード。ルール・仕組みはC0とほぼ同じだが、戦歴は両プレイヤーとも表示される。またバトルをスリリングにする為の演出として、バトルが始まるまでは敵側に自分のデータは表示されない様になっている。
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バーコードバトラーII2 C2
CCモード
内容はII2C0の同名モードとはまったく異なっている。まず主人公となるキャラクター2人を入力し、本体内蔵の敵キャラと2対1のバトルを行い、どこまで勝ち抜けるかチャレンジするモードとなっている。敵を倒すとこちらのステータスがアップするのはこれまで通りだが、敵に止めを刺した方のキャラクターのみにそれは行われる。倒した後にパスコードが表示される敵もおり、それを入力すればゲームを途中から再開する事もできる。アイテムは1人1枚ずつ使用可能。合体はできない。
C0モード
内容はII2C0の同名モードとまったく同じ。
C2モード
IIの同名モードの発展型。職業の異なるキャラクター二人をペアにし、敵カードと2対1の戦いを行う。ステータスアップとアイテムについてはCCと同じ。